Стоит разграничить ручную и программную верстку сайтов, ведь, по сути, хотя и выглядит результат практически одинаково, в HTML-коде сайта всегда можно отличить программную верстку от ручной, и это сказывается не только на конечном размере файла.
Прежде всего, замечу, что программный подход, конечно же, не в силах настолько оптимизировать обработку кода, насколько это сделает человек. Связано это не столько со сложностью алгоритмов, как с невозможностью машины настолько глубоко анализировать и структурировать код, как это делает человек. Поэтому код, профессионально написанный человеком, будет несколько лучше оптимизирован, чем машинный код.
В некотором роде ручная верстка - признак особого статуса сайта, поскольку ручная работа всегда и во всем ценилась выше штамповки. Также она всегда используется при разработки сложных ОПП ореентированных интернет приложений. Соответственно, к таким сайтам выше доверие у поисковых машин, они лучше индексируются и имеют больший вес.
С другой стороны, ручная верстка (если речь идет о действительно качественной работе) - процесс кропотливый и трудоемкий, и не каждому владельцу сайта стоит растрачивать на эту задачу бюджет - программная верстка востребована на малобюджетных сайтах и так называемых "сателлитах", единственная цель которых - придавать вес главному сайту.
